Varnostni organ RS za izdajo varnostnih spričeval lahko omeji ali prekliče enotno varnostno spričevalo, ki ga je izdal. Varnostni organ RS za izdajo varnostnih spričeval omeji ali prekliče spričevalo, če je z nadzornimi dejavnostmi ugotovil, da imetnik enotnega varnostnega spričevala več ne izpolnjuje pogojev, pod katerimi mu je bilo spričevalo izdano.
Če varnostni organ RS ugotovi resno varnostno tveganje, lahko sprejme sorazmerne izvršilne ukrepe. Varnostni organ RS lahko na primer začasno ustavi železniško obratovanje prevoznika v železniškem prometu. Na podlagi te odločitve varnostni organ RS za izdajo varnostnih spričeval ovrednoti, ali je treba posodobiti enotno varnostno spričevalo z omejitvami oziroma ga v skrajnem primeru preklicati.
Prevoznik v železniškem prometu, katerega enotno varnostno spričevalo je bilo omejeno ali preklicano, lahko vloži pritožbo na odločitev varnostnega organa RS za izdajo varnostnih spričeval.
Vsi postopki preklica ali omejitve po izdaji enotnega varnostnega spričevala se upravljajo v točki »vse na enem mestu« in so zabeleženi v podatkovni zbirki ERADIS.